Face aux menaces de l'érosion marine puis de la construction d'un lotissement, des sondages ont été effectués afin de déterminer la nature et l'intérêt des vestiges. Menés par G. Bernier puis P. André, ces sondages réalisés en bordure de la ria ont révélé des salles au sol bétonné ainsi qu'un petit jardin intérieur. Le trésor monétaire découvert à cette occasion ainsi que d'importants éléments de décor - notamment des fragments d'enduits peints et de stucs moulurés et figurés - ont conduit à l'acquisition du site par l'Etat en 1972. Un autre espace, aujourd'hui interprété comme un silo, a également été partiellement dégagé à cette époque.

En 1972 des fouilles de sauvetage, conduites par P. André, ont mis au jour un bâtiment thermal, de dimension modeste (12 m x 9 menviron), situé à proximité de la villa, en bordure de rivage. La fouille partielle de cet établissement a révélé un plan classique avec trois salles réservées au bain (froid, tiède et chaud) ouvrant sur la ria d'Etel. Le chauffage par le sol, habituel dans ce genre de structure, était assuré par un système d'hypocauste à pilettes de briques.

La fouille programmée du site archologique de Mané-Véchen se déroule dans le cadre de l'étude de l'occupation du littoral à l'époque gallo-romaine. Préalablement à la campagne d'évaluation de 2000, un relevé topographique a été réalisé, montrant des secteurs en fort relief dessinant un U autour d'une dépression centrale donnant sur la ria. Plusieurs tranchées non destructives ont donc été réalisées en 2000 sur les trois ailes supposées de la "villa" afin de vérifier cette organisation. Compte-tenu de l'intérêt et de la qualité des vestiges ainsi que de la nature du mobilier découvert, la fouille exhaustive du site a ensuite été engagée dans la perspective d'une mise en valeur des vestiges.

Débuté en 2001, le programme de fouille se veut exhaustif, à raison de 3 à 4 mois par an, avec le concours d'une centaine de bénévoles chaque année. Les fouilles ont débuté par l'aile Nord du bâtiment (2001-2002), puis l'aile Ouest (2003-2004), et enfin l'aile Sud et les cours (2005-2007). La richesse du décor a été confirmée par la présence d'enduits peints et de stucs dans les salles d'apparat. L'originalité des découvertes sur le plan de l'organisation du site - absence de péristyle, importance des salles de réception et des salles de stockage, abondance de monnaies liées au commerce, présence d'un espace dédié aux archives (tablinum), redondance des motifs bachiques - conduisent aujourd'hui à s'interroger sur la nature véritable des vestiges, d'autant qu'en aucun endroit on a pu identifier les appartements privés.

Le programme de fouille arrive à échéance en 2007. Dans l'attente de la phase de restauration, et afin de préserver les vestiges, des opérations de consolidation des maçonneries ont été menées par une entreprise spécialisée : réfection des joints et cristallisation des surfaces d'arasement des murs. A terme, l'objectif est de mettre en valeur le site en poursuivant les actions entreprises depuis 2005 : ouverture du site au public, accueil des scolaires...
En attendant reste la fin de la fouille, l'étude du mobilier, la réalisation d'une exposition et la publication d'un ouvrage de synthèse.